實(shí)驗室洗瓶機是功能強大的設備，但是并非什么玻璃器皿都能洗： 由于實(shí)驗室洗瓶機一次可以將大批量相同/相近規格的玻璃器皿清洗干凈，例如大型實(shí)驗室洗瓶機可以一次清洗300個(gè)或更多的培養皿，1000只以上的試管，或者幾十個(gè)容量瓶?？紤]到實(shí)驗室的玻璃器皿有不同的結構、尺寸和容量，如果能夠將玻璃器皿進(jìn)行適當的分類(lèi)，選配合適的裝置支架，這樣才能夠zui大程度的發(fā)揮自動(dòng)清洗機的強大的清洗能力。
有些形狀復雜或者細小的器皿或零部件，使用其它的清洗方式，例如超聲波，可能效率更高、效果更好。
如果殘留物中含有遇熱會(huì )凝固的蛋白質(zhì)，使用自動(dòng)清洗機時(shí)需要特別的小心，需要在室溫下先將蛋白質(zhì)清洗干凈，然后再加熱清洗。但仍然存在蛋白質(zhì)凝固后粘附在設備內表面或器件表面的可能性，清理起來(lái)非常麻煩。類(lèi)似的情況還有非常粘附的聚合物等。在這種情況下，適當的預處理可能是必須的。于是，可以采用摩特偉浸泡前處理設備及星葉化工清洗劑進(jìn)行浸泡。
另外，受制于清洗設備和水基清洗劑適用范圍的限制，某些水基清洗劑無(wú)法濕潤滲透或溶解的難溶性殘留物，例如某些試驗需要用到強氧化性酸高溫消解樣品時(shí)殘留的復雜的難溶物，無(wú)法通過(guò)實(shí)驗室洗瓶機清洗干凈。
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